契約に於いて増改築の特約がある場合は、構造を変更しないまでも建物の築造に関しては地主の承諾が必要です。この承諾に関しては承諾料を請求する事が出来ます。
また、建物の「種類」、「構造」、「規模」、「用途」を制限する条件がある場合において従前の建物と異なる建物を築造する場合は、「条件変更による建替え」の承諾が必要となります。建物の建替えにおける制限は契約内容によって2種類になると考えられます。ご質問のケースで賃貸借の条件がわかりませんが、この両方を含めていると考えてお答えいたします。
地主には基本的に借地条件を変更する義務を負っていないと考えられますので、自由裁量によって決めることは可能かと思います。しかしその対価があまりにも高額となった場合に借地人は裁判所による代わりの許可によって借地条件変更による建替えをなすことが可能となっています。
裁判所に於いては、客観的に他の判例等を参考に適正と思われる金額を承諾料として定めることになりますので、この金額を参考に取り決めれば借地人も納得されるはずです。これまで裁判によって条件変更の承諾をなされたものの主なものは非堅固建物を堅固建物による建築承諾で更地価格の10%前後となるものが殆どです。今回、木造2階建を鉄骨造3階建の建築にするということで、非堅固建物から堅固建物となる契約期間が20年から30年になるだけでなく、床面積も大幅に増えることになりますので、この金額を参考に自分の適正だと思う金額を提示して話し合いましょう。